Το Ίδρυμα διοικείται από πενταμελή Διοικούσα Επιτροπή, τα μέλη της οποίας παρέχουν τις υπηρεσίες τους αμισθί.

Η Επιτροπή απαρτίζεται από τρεις γονείς περιθαλπόμενων του Ιδρύματος, οι οποίοι εκλέγονται από το Φ.Σ. «Β.Ζ.Π.Τ.ΕΙ.Π.Α.», καθώς και από δύο εκπροσώπους της Πολιτείας. Η θητεία των μελών της Διοικούσας Επιτροπής είναι τριετής.